Фонды музея-заповедника включают предметы археологии, этнографии, документальный фонд, геологическую, ботаническую и энтомологическую коллекции. Археологическая коллекция когда-то положила начало формированию фондов, и сегодня она пополняется активнее всего, причем орудиями труда каменного века, найденными не только на территории памятников Дивногорья, но и в близлежащих областях.

Предметы из фондов музея-заповедника «Дивногорье» вы также можете посмотреть на сайте Государственного каталога музейного фонда Российской федерации.